Typiskt sådant som man egentligen inte kan göra medan filen är på servern, åtminstone inte i dagens FileMaker. Behöver du göra detta regelbundet?
Man skulle säkert kunna få ihop någon trixig lösning med en FileMaker robot-klient som automatiskt sparar en kompakterad kopia och sedan använda shell script för att stänga, ladda ner, flytta filer, öppna osv.
Med FMS11 kan man kanske också tänka sig att köra en backup som tom kopia och sedan importera data från den gamla kopian till den, återigen med shell script för att flytta filer etc. Jag har inte testat, men det skulle nog gå att knåpa ihop till och med utan att använda en FileMaker Pro-klient.

Hoppas någon annan har bättre förslag - mina känns lite för krångliga...

Frågan är väl också varför du tror att dina index är optimiserade och vad det i så fall beror på. Kanske går det att optimisera i förväg snarare än att försöka fixa i efterhand.

Är det bara två gånger om året skulle jag helt klart plocka ner och köra lokalt.