Jag hänger inte med på vad du har flyttat? Har du fört över en databas data till en annan databas eller är det själva strukturen du kopierat över såsom fält, manus mm?

Om jag förstått det rätt så försöker du dubbelklicka på en befintlig tabellförekomst i din FileMaker-databas och byta den till en tabell som finns på en MySQL-databas som i sin tur finns hos Binero.
Enda chansen som jag ser det till att du inte ska behöva gå igenom alla manus är att fälten skapas i ursprunglig ordning i tabellen som du har hos Binero. Du behöver alltså sortera fälten i FileMaker-tabellen "i ursprunglig ordning" och sen lägga in dem i samma ordning i MySQL-tabellen.
Jag har inte själv testat om det fungerar men det är det enda jag kan komma på. Fälten kommer hur som inte att mappas via deras namn.
Tillåter alltså Binero att man ansluter utifrån mot deras databaser eller måste man be dem att öppna upp för den möjligheten?

Jag är inte heller hundra på att jag förstår frågan rätt, men det som bör fungera är att kopiera över alla layoutobjekt på varje layout. Vid copy-paste används fältnamn och inte fält ID för att matcha. Naturligtvis måsta alla fält och tabellförekomster ha exakt samma namn i de båda filerna för att detta ska fungera.

Enklast är nog att göra detta med två kopior av din lokala fil öppna. Kopia ett låter du vara oförändrad, men i kopia två raderar du alla layoutobjekt (men behåller själva layouterna) samt uppdaterar tabellförekomsterna så de pekar på tabellerna i online-datakälla. Sedan är det bara att gå från layout till layout i layoutläge, markera allt och kopiera i fil ett och sedan klistra in i fil två. Inte direkt kul, men det ska fungera. Du kan dock behöva dubbelkolla tabbordning samt att portaler och fält inte hamnar i fel stackordning (FileMaker har en bugg/begränsning vdg clipboard-hanteringen för detta).
Samma princip fungerar för manus (du måste klistra in manusen för layoutobjekten).

Eventuellt kan det också vara en idé att lagra layoutobjekten för de olika layouterna i ett verktyg som ClipManager (http://www.myfmbutler.com/index.lasso?p=422) - då behöver du inte arbeta i två filer samtidigt.

Beroende på hur många layouter/tabeller/fält du har kan det vara enklare att köra med Roberts trick och skapa om fälten i rätt ordning. Nackdelen är att man riskerar behöva börja om från början om man råkar göra fel.
Du kan exportera en DDR (i xml-format) och/eller använda funktionen för att se vilka id de olika fälten har.

Lycka till! Hör gärna av dig hur det löste sig!